親水性PTFE折疊濾芯在使用一段時間后就需要進行清洗，一般有兩種清洗方式，一個是反沖洗清洗法，一個是酸洗清潔法。
親水性PTFE折疊濾芯反沖洗清潔法。
親水性PTFE折疊濾芯主要利用不銹鋼濾芯對水中雜質進行物理過濾，.過濾芯過濾的截留物逐漸增加，使過濾器的前后壓差隨之升高，直至堵塞。當過濾器因截留過量的機械雜質而影響其正常工作，則可用反沖洗的方法進行清洗。將一個轉向球閥關閉，另一個轉向球閥正常開啟，利用逆向進水，將粘附于親水性PTFE折疊濾芯表面的截留物剝離并被反沖水流帶走，有利于排除濾層中的沉渣、懸浮物等，并防止濾料板結，使其充分恢復截污能力，從而達到清洗的目的。反沖洗周期，一般為一至四天。
親水性PTFE折疊濾芯酸洗清潔法。
親水性PTFE折疊濾芯將重鉻酸鉀或者結晶加水溶解到60至80度，緩緩加入濃度為94的濃硫酸至足量。加入時速度要緩慢，并攪拌。加至1200毫升酸鉀或者*溶解，溶液顏色呈現深紅，此時加入濃硫酸的速度可以加快，直到*加入。 如果濃硫酸已經加完仍有未溶解的晶體，可以加熱至溶解。清洗液的作用是去除鈦粉燒結濾芯管壁上的一般污染物，油脂和金屬顆粒雜質等，并且可以有效殺滅濾芯上滋生的細菌微生物、破壞熱源。如果之前對濾芯進行過堿洗，必須先親水性PTFE折疊濾芯親水性PTFE折疊濾芯